Örümcek-Adam: Örümcek Evrenine Geçiş, radyoaktif bir örümcek tarafından ısırılmasıyla bambaşka bir dünyaya adım atıp, özel yeteneklerle donanan Miles Morales’in maceralarını konu ediyor. Gwen Stacy ile yeniden bir araya gelen Miles, Çoklu Evrenleri geçer. Miles bu sırada ne olursa olsun orayı korumakla yükümlü olan Örümcek – İnsanlarla karşılaşır. Büyük bir tehdit ile karşı karşıya olan kahramanlar, ne yapacaklarını bilemeyince Miles, kendisini diğer Örümcekler’in karşısında bulur. Miles, en sevdiği insanları büyük bir tehdite karşı koruyabilmek için yeteneklerini kullanmak zorundadır.